ついにニンテルド帝国にたどり着いたギアたち一行だったが、偵察に出ていたネルとオパールがいなくなってしまう。
2人を探すギアとラムセスの前に、彼女らを連れ去ったディゴルグJrが現れる。
アジトの場所を聞き出すためギアはディゴルグJrに闘いを挑む。
一方ニンテルド城では、ニンテルド6将軍の一人ゼリグを中心として、イリーガルパイレーツ撲滅作戦が開始されようとしていた。